Auch zur Linderung von Migränebeschwerden kann Botulinumtoxin eingesetzt werden. Eine letztendlich wissenschaftliche Erklärung für die Wirkweise des Botulinums bei Migräne oder Spannungskopfschmerz steht zwar noch aus, das Medikament Botulinumtoxin erhielt jedoch 2011 die Zulassung zur Linderung der Symptome von chronischer Migräne bei Erwachsenen, die unzureichend auf eine prophylaktische Migränebehandlung angesprochen haben.
Auch für dieses Krankheitsbild übernehmen einige private und teilweise auch gesetzliche Krankenkassen die Kosten. Allerdings muss die „Diagnose Migräne“ durch einen Facharzt für Neurologie gesichert sein.